Deux associations de parents d'élèves sont présentes à Magendie :
- La FCPE : http://fcpemagendie.blogspot.fr
- La PEEP : peep.magendie.33@gmail.com
Chaque année, chacune des deux associations listées ci-cessus organisent une bourse aux livres au lycée. Se référer pour plus d'informations à ce sujet à leurs sites webs respectifs.
Les parents d'élèves sont représentés en conseils de classe, ainsi qu'en Conseils d'Administration (CA), au Conseil pour la Vie Lycéenne (CVL) et autres commissions lycéennes.